傳說在四千六百多年以前的上古時期,黃帝的部落(以黃河流域為主)跟蚩尤的部落大戰於涿鹿之野,雙方打了一年多,不分勝負。黃帝苦悶填心,憂心如焚。一天夜裡,忽然夢到了九天玄女娘娘。九天玄女娘娘對他說:你要戰勝蚩尤,必須找到九星運轉時倒映於地上的奇點和吉門。用背孤擊虛之法,可大獲全勝。
九天玄女娘娘在教給他一些秘訣後,便飄然離去。黃帝醒來,馬上將這些秘訣整理成書,就是《奇門遁甲》,又選了一個吉日良辰,修了一個很大的高台,於台上致祭,正式啟用“奇門遁甲”。祭祀完後,黃帝就用“奇門遁甲”之方法,對蚩尤進行全面反攻。交戰中蚩尤作法興起了漫天大霧,企圖利用大霧的幫助來消滅黃帝。而黃帝在“奇門遁甲”的指導下,馬上辨清了方向,又用背孤擊虛之法,從生門打向死門一舉戰勝蚩尤。
此後黃帝把“奇門遁甲”視為至寶,為了長久保存,便命風後把它刻到甲骨上。這風後也是知天文,曉地理,通算術,明陰陽的行家。他在太極生兩儀,兩儀生四象(春、夏、秋、冬)的啟發下,將黃帝的一時一局改為了四時一局。他用四個時辰來象徵一年中的四個季節,把四千三百二十局,刪成了一千零八十局。
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